生物帮科学家发现，当SARS-CoV-2(引起COVID-19的病毒)遇到被称为抑制剂的药物时，会发生新的出乎意料的行为，这些药物与病毒的某些成分结合并阻断其复制能力。
该研究发表在《药物化学杂志》上，为推进药物设计和治疗COVID-19的药物重新用途提供了重要见识。
能源部橡树岭国家实验室的研究人员利用中子散射研究了用于治疗丙型肝炎病毒感染的药物特拉普韦和负责使病毒繁殖的酶SARS-CoV-2主要蛋白酶之间的相互作用。
他们发现了蛋白酶的药物结合位点中无法预料的电荷变化，这是计算机模拟无法预测的。
主要作者丹尼尔·克纳勒(Daniel Kneller)说：“我们发现这种特殊的蛋白质-SARS-CoV-2主要蛋白酶-许多研究人员正在通过计算方法进行研究，其表现出令人惊讶的方式。”“我们的发现提供了改进计算机建模所需的重要实验数据，从而使仿真更符合实际情况。”
该病毒通过组装蛋白质或多肽的长链来繁殖，该蛋白质或多肽由将近2000个氨基酸组成，必须被主要的蛋白酶切割成较小的链。寻找有效阻断或抑制蛋白酶功能的药物对于防止病毒复制并传播到体内其他健康细胞至关重要。
在先前的研究中，研究小组使用中子和X射线散射来构建SARS-CoV-2蛋白酶中每个原子的完整图谱。他们确定了药物抑制剂与蛋白酶结合的位点，并绘制了将蛋白酶结合在一起的氢键网络。他们还确定了发生多蛋白切割作用的蛋白酶氨基酸位点中正，负和中性电荷的位置。
“在这项研究中，我们发现当特拉普韦与主要蛋白酶结合时，结合位点的质子化状态改变(质子增加或减少)，这意味着氢原子的位置发生了改变;从本质上讲，某些氨基酸位点得到了增加或减少氢原子，从而改变了它们的电荷。” ORNL的通讯作者安德烈·科瓦列夫斯基(Andrey Kovalevsky)说。
