基因组分析可以深入了解2018年的尼日利亚拉沙热疫情

根据发表在“新英格兰医学杂志”上的基因组分析，2018年尼日利亚拉沙热病例的激增似乎与单一病毒株或人与人之间的传播无关。。多个机构合作编写了该报告，其中包括尼日利亚埃德救世主大学的非洲传染病基因组学卓越中心;马萨诸塞州剑桥市麻省理工学院和哈佛大学;加利福尼亚州拉霍亚的斯克里普斯研究所;和新奥尔良的杜兰大学等。该研究得到了国家过敏和传染病研究所(NIAID)，国家人类基因组研究所(NHGRI)和NIH共同基金的非洲人类遗传和健康计划的部分支持，该计划是美国国立卫生研究院的所有组成部分。 (NIH)。

尼日利亚疾病控制中心(NCDC)报告，2018年拉沙热病例增加异常大，1月1日至10月7日有523例实验室确诊病例和135例死亡。拉沙热是西非流行的，其中Mastomys natalensis啮齿动物是拉沙病毒的主要动物宿主，很常见。啮齿动物经常在人类栖息地内或周围发现，人们通过直接接触啮齿动物的尿液和粪便而感染拉沙病毒。患有拉沙热的人也可以通过密切接触将病毒传播给其他人，尽管专家认为这种情况很少见。根据美国疾病控制和预防中心的数据，大约15%至20%的拉沙热住院患者死于该疾病，但只有1%的拉沙病毒感染导致死亡。

据提交人称，公共卫生官员担心，2018年尼日利亚的拉沙热疫情可能是由一种以前未知的因素驱动的，例如一种新的或更具毒性的拉沙病毒株。这促使研究团队分析来自患者样本的拉沙病毒基因组，以确定基因组数据签名是否可以解释病例的激增。

作者分析了2017 - 2018年爆发的129名患者和2015-2017季度的91名患者的拉沙病毒基因组。他们发现，2018年的拉萨基因组来自以前在尼日利亚观察到的各种病毒，而不是来自单一的显性菌株。这表明单一病毒株在2018年没有引起病例激增。此外，2018年最新祖先样本的测年显示对人与人之间传播的支持有限。相反，该数据集具有与许多独立的人畜共患传播一致的特征(人类通过接触啮齿动物的粪便或尿液而感染)。

研究小组实时向NCDC和当地卫生部门报告了他们的调查结果，以支持公共卫生应对疫情。作者指出，该研究通过将基因组信息与传统流行病学数据相结合，作为调查传染病紧急情况的模型，为应对策略提供信息。