生物帮人类肠道微生物组的研究主要集中在细菌上。肠道中也存在其他微生物，如病毒，原生生物，古细菌和真菌，这些微生物在很大程度上被忽视了。
小鼠的新研究现在指出，真菌在肠道中起着重要作用-霉菌和酵母菌的菌群被称为菌群-是宿主与饮食之间的主动界面。
伯明翰大学阿拉巴马大学助理教授，医学博士肯特·威利斯说：“我们证明健康小鼠的肠道菌群是受环境影响的，包括饮食，并且与代谢结果显着相关。”该研究的结果发表在《通讯生物学》杂志上。“我们的结果支持肠道菌群在宿主代谢适应中的作用，这些结果对微生物组研究的设计和宿主代谢实验研究的可重复性具有重要意义。”
威利斯和他的同事研究了小鼠小肠空肠中的真菌，小鼠小肠的空肠是小鼠肠道中真菌种类最多的部位。他们发现，与以标准饮食喂养的小鼠相比，暴露于加工饮食(这种饮食代表典型的西方饮食中富含纯净碳水化合物)会导致真菌群落的持续差异，这与雄性小鼠体重的差异性沉积显着相关。 。
研究人员发现，肝脏中的脂肪沉积，代谢活性组织的转录适应和血清代谢生物标志物水平均与真菌群落多样性和组成的改变有关。来自两个属的真菌(嗜热霉菌和酿酒酵母)的变异与代谢紊乱和体重增加最密切相关。
该研究有一个巧妙的起点。研究人员从四个不同的研究动物供应商那里获得了基因相同的小鼠。众所周知，肠道细菌群落随供应商的不同而显着不同。类似地，研究人员发现空腹真菌生物群群的供应商差异很大，这是通过对内部转录间隔区rRNA进行测序而测得的。在基线时，来自供应商之一的小鼠具有五个独特的真菌属，而来自其他三个供应商的小鼠分别具有三个，两个和一个独特的属。
他们还研究了细菌群落的组成，即细菌和真菌，并发现了较大的基线细菌群落差异。他们从最初的真菌和细菌多样性出发，测量了时间和饮食差异(标准化食物与高度加工饮食之间的差异)对真菌和细菌群落组成的影响。
研究人员还提出了一个基本问题：通过下一代测序检测到的真菌生物是否来自饮食，或者它们是在肠道中定居并复制的真正的共生生物?他们比较了含有一些真菌的食物颗粒的测序，小鼠空肠的内容物表明空肠真菌是真正的共生菌。
