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scDNA测序的新方法可洞悉乳腺癌的发展

得克萨斯大学安德森分校癌症中心的研究人员领导的一个小组克服了单细胞DNA(scDNA)测序的先前技术挑战,开发了一种以单分子分辨率进行scDNA测序的新方法。这项技术首次揭示了三阴性乳腺癌在染色体不稳定的最初爆发后经历了连续的基因拷贝数变化。

这项发现发表在《自然》杂志上,为测序数百种癌细胞提供了一种准确而有效的新方法,同时也为癌症的发展提供了新颖的见解。这些见解可以解释为什么治疗并不总是有效的,以及为什么研究人员不能在实验室中产生同质的细胞培养物。

与我们在单细胞DNA测序中的第一种方法相比,这代表了显着的进步,其通量,准确性和易用性大大提高。现在,我们能够以前所未有的方式解决肿瘤细胞群体内拷贝数的微小差异。”

Nicholas Navin博士,高级作者,遗传与生物信息学与计算生物学副教授

这项新技术被称为“声细胞标签化(ACT)”,首先是通过荧光激活的细胞分选从数千个细胞中分离出单个细胞核。然后通过三步化学过程将每个细胞中的DNA切割成精确的片段,添加通用接头并结合条形码以进行下一代测序。

化学过程是通过声学液体传输技术执行的,该技术使用声波快速有效地传输微量液体。Navin解释说,早期的scDNA测序方法从开始到结束需要三天的时间,而新的方法可以在三小时内完成。

通过这种改进的方法,可以对有限数量的细胞中的DNA进行测序,研究人员试图回答有关癌症进化的一个常设问题。纳文(Navin)的研究小组先前确定,三阴性乳腺癌会经历标点进化,在染色体不稳定的初始爆发中获得拷贝数变化,但是未知癌细胞在该事件后是否继续积累变化。

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